Aan het begin van de 16e eeuw, vanaf ongeveer 1530 kwam de beweging van de wederdopers op, ook in Friesland. In en om Franeker voegden zich velen bij deze beweging en verlaten de katholieke kerk. De eerste periode was een heel roerige tijd, met onder andere de bezetting van het klooster Klaarkamp bij Bolsward na een oproer dat begon bij Franeker. De afloop was helaas zeer bloedig.Tijdens de periode van vervolging vluchtten de dopers vanuit Franeker over water naar Noord-Duitsland en Polen. Een aantal gebouwen in de stad getuigen hier nog van. In 1567 werden door Willem van Oranje de plakkaten opgeschort. Doordat de vervolgingen van het midden van de 16e eeuw minder heftig en de straffen minder streng waren, werd Franeker toevluchtsoord voor dopers uit Vlaanderen en Duitsland. De stad kreeg hierdoor een veelkleurig karakter. Er ontstonden veel verschillende groepen dopers: Friezen, Vlamingen, Hoogduitsers, Waterlanders. Pas later werd dit een geloofsgemeenschap.