In de Middeleeuwen leek Franeker zich eerst zelfs als hoofdstad van Friesland te ontwikkelen. De oorsprong voert helemaal terug tot 734, Want toen bouwde van Karel de Grote in zijn begin periode een zogenoemd ‘castellum’ in noordelijk Westergo. Deze nederzetting werd in de geschiedenis Franeker genoemd, waarschijnlijk naar ‘Froonacker’, wat ‘land van de heer/koning’ betekent. Het gebied werd destijds nog omspoeld door de Middelzee en Marneslenk . Daarom gingen mensen experimenteren met dijkaanleg. Zo raakte het land minder verzilt en ontstond economische voorspoed door landbouw.
De invloed van ruim twee eeuwen Universiteit van Franeker (1585-1811) is onmiskenbaar groot geweest op het karakter van de stad. De aanwezigheid van wetenschappers had een enorme uitstraling en trokken mensen van heinde en verre. Daardoor deden herbergiers, kooplieden en ambachtslieden goede zaken. Een academische studie was lang niet voor iedereen weggelegd. Maar het vrije denken is zeker terug te vinden in de volksaard van de Franekers.
Franeker werd tussen de elfde en zestiende eeuw het bestuurlijk centrum van noordelijk Westergo. Grootgrondbezitters bouwden in Franeker hun stinsen, waar ook ambachtslieden en handelaren zich vestigden. Begin veertiende eeuw werden de – nog steeds zichtbare – bolwerken gebouwd en al snel kreeg groeiende, levendige plaats haar stadsrechten. De komst van de universiteit liet de geschiedenis van Franeker nog verder opbloeien. In 1774 begon Eise Eisinga met de bouw van zijn Planetarium, tegenwoordig de grootste publiekstrekker van de stad. Hij werd buitengewoon hoogleraar aan de Universiteit van Franeker. Maar helaas, Napoleon sloot de academiedeuren in 1811. Toch is het stempel ‘universiteitsstad’ nog lang bepalend geweest, ook voor het hedendaagse karakter.
Natuurlijk herbergt de geschiedenis veel meer dan de Universiteit van Franeker en de bouw van het Planetarium. De tijdlijn licht een serie historische momenten uit, zoals de allereerste PC op het Sjûkelân (1853). Nu nog steeds het grootste kaatsfestijn van het jaar. Maar het zijn de verhalen die een geschiedenis laten leven, kijk daarom op deze website wat er bij een bezoek aan Franeker allemaal valt te ontdekken en beleven.
In 1811 liet Napoleon de universiteit sluiten. De opvolger van de Franeker Academie was het Rijksatheneum, dat van 1815 tot 1847 heeft bestaan, maar – evenals zijn voorganger – uiteindelijk tenonder ging bij gebrek aan studenten. De collectie van de universiteitsbibliotheek bevat veel zeldzame oude drukken. En werd overgebracht naar de provinciale bibliotheek te Leeuwarden (thans: Tresoar).
Ofschoon de stad niet meer over een universiteit beschikt, vinden er toch nog af en toe academische promoties plaats. Promovendi van de Rijksuniversiteit Groningen die promoveren op een onderwerp dat met Friesland te maken heeft komen naar Franeker. Maar ook die een band met Friesland hebben. Zij mogen hun proefschrift in de Franeker Martinikerk verdedigen.
In 1984 was er een fusie van gemeenten. Zo werden de gemeenten Franeker en Franekeradeel, maar ook een deel van de gemeente Barradeel samengevoegd. Dit werd de gemeente Franekeradeel. Wegens herhaaldelijke tekorten op de gemeentelijke begroting stond de gemeente Franekeradeel tot 2005 onder curatele. Bijvoorbeeld door de provincie Friesland. Dat was niet niks. De tekorten werden verminderd met meerdere bouwprojecten. Maar ook door het ontginnen van gas en zout uit de aardbodem van de gemeente Franekeradeel en omstreken. Door de gevolgen van de zout- en gaswinning zakte de bodem. Later was de bodem van Franeker in juni 2007 al met 20,5 cm gedaald. In 2008 bezochten Koningin Beatrix en haar familie Franeker in het kader van Koninginnedag 2008.